海洋微體生物有透明外殼或反差低及三維立體構型，它們的個體小，介於數十至數百微米之間，需要在顯微鏡下鏡檢標本，或是觀察外部型態及微細構造，才能提供研究所需要的佐證資料。傳統顯微鏡鏡檢作業是採人工作業，人員需經訓練後得上顯微鏡工作台執毛筆或鑷子作業，作業過程不僅耗時費力且產出品質不利控管；為了減少人力時間投注，加速研究作業流程，海洋中心開發「海洋微體生物檢選與自動焦點疊合攝影系統」，整合微型物體取樣檢視裝置及自動焦點疊合顯微攝像系統，兩大核心技術說明如下：
1.微型物體取樣檢視裝置：此為2019年獲得臺灣發明專利之創新技術，專利名為「物體取樣及檢視裝置」，整合三維掃描平台、三軸機械臂及光學顯微鏡，透過顯微鏡於指定區域內逐步掃描，找尋目標物，再利用機械臂上的微細針頭吸取微型物體，並將物體搬移至指定位置。本發明可取代或輔助人工鏡檢作業，預期可提高樣品檢選速率三成以上，亦可建立標準化作業程序，提高產出品質一致性。
2.自動焦點疊合顯微攝像系統：整合光學顯微鏡、單眼相機及電機驅動單元，運用焦點疊合、影像演算法等影像處理技術，搭配自主開發的視覺化操作介面，提供自動化顯微拍照流程，可以縮短顯微鏡鏡檢海洋微體生物的操作流程，並使用焦點疊合技術克服顯微鏡高放大倍率的低焦點深度限制，提供檢體整體清楚的精緻圖紋圖像及外型輪廓，並可提供客製化顯微照相及顯微影像自動疊合技術服務。

本微體檢選與自動焦點疊合攝影系統，透過顯微鏡於指定區域內掃描與找尋目標物，並利用點膠針以抽氣馬達產生負壓來達成微小物體之揀取，提供自動化鏡檢作業，縮短顯微鏡鏡檢微型物體的操作流程，預期提高樣品檢選速率三成以上，並利用自動焦點疊合技術克服顯微鏡高放大倍率的低焦點深度特性，提供清晰的圖紋圖像及外型輪廓。

本項裝置可應用於精密加工業、自動化產業及機器人等產業，如精密自動點膠、顯微注射、微觀物體的粘附注射及微型結構觀察與清潔，亦可用於浮游動物、種子或金屬雜質等微型物體的樣品分選或科學顯微攝影的學術研究。