以雙條碼的實驗設計，利用ONT MinION定序平台，搭配nanoMLST的分析程序，資料會從產出後直接進行分析，轉化成序列後篩選其品質並將樣本利用雙條碼的標誌進行歸類，再利用序列比對方式進行校正，最終達到多樣本自動化多基因位點序列分型(MLST)，此法能降低成本，可應用於各式全長基因的定序服務。

以抗藥性金黃色葡萄球菌為模型所開發的nanoMLST技術，可同時針對96株菌進行分析，共定序出672個全長(平均1,300 bp)的等位基因(alleles)，其中359條基因經驗證與Sanger的產出型別完全一致，nanoMLST能自動化完成96株菌的MLST，是目前以ONT進行高通量MLST唯一成功的案例。

nanoMLST是以MRSA為模型所開發並經驗證的新技術，對於流行病學研究及醫院感染控制將提供幫助，目前至少有110種微生物需要MLST，若將nanoMLST技術延伸適用在這些微生物，藉由定序平台的普及以及成本的大幅降低，可使醫院感控監測更全面，對於養殖業、食品安全及其他公共衛生領域也能有所幫助。