技術名稱 次世代序列快速比對法
計畫單位 中央研究院資訊所
計畫主持人 許聞廉
技術簡介
本技術以分治法依據短序列在參考基因體上的比對狀況,將短序列切割成不同的區塊,這些區塊代表短序列在參考基因體上完美對應的子序列,而相鄰區塊間通常是很短的缺口片段,主要是基因體變異所造成的缺口,由於缺口一般都很短,因此Kart只需要少量的計算時間處理。此外Kart在處理第三代定序的長序列片段也有很好的效率和準確度。
科學突破性
本技術之科學突破性在於採用分治法 (divide-and-conquer),可依據短序列在參考基因體上的比對,將短序列切割成多個區塊,這些區塊是短序列在參考基因體上完美對應的子序列,而相鄰區塊間通常是很短的缺口,主要是基因體變異造成的缺口。由於缺口一般都很短,Kart只需要花費少量的計算時間來處理。
產業應用性
生物資訊的分析仰賴排比演算法的效能,由於技術的進步,生物資訊累積大幅度的定序資料,導致過去所發展的方法無法負荷這樣龐大的數據,形成資料分析的瓶頸。我們的技術可大幅提升序列排比的效能,並且廣泛應用於多個領域,如次世代定序和第三代定序的序列排比、基因體序列之間的比較和總體基因體學(Metagenomics)的資料分析上。
關鍵字 次世代定序 第三代定序 序列排比 序列變異 分治法 種子與延伸 基因體序列比對 總體基因體學 計算生物學 生物資訊
備註
本技術為資訊科技演算法,開發成數個程式用來解決生物資訊上序列排比的問題。
  • 聯絡人
  • 林信男
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